La propuesta presupuestaria de la Comisión para el período 2028-2034 ha sido calificada por el Gobierno vasco como un grave retroceso en la participación regional en la gobernanza multinivel de la UE, en especial para las regiones con competencias legislativas como Euskadi. Falta de ambición y obstáculos para la llegada de fondos regionales son algunas de las críticas vascas a un Marco Financiero Plurianual (MFP) cuya cuantía global asciende a 2 billones de euros, el 1,26% del PIB europeo. 
La Comisión, argumentando simplificación y flexibilidad, ha  reducido a cuatro los siete ejes actuales del MFP: cohesión económica, social y territorial, agricultura, prosperidad rural y marítima y seguridad (1.062.220 millones), competitividad, prosperidad y seguridad (589.594), Europa global (215.203) y administración (117.877). El Gobierno vasco aplaude que se sitúe a la innovación y a la competitividad como ejes, con la creación de un Fondo Europeo de Competitividad (409.000), pero creen que se queda lejos del 2% del PIB propuesto desde Euskadi.

El marco financiero plurianual 2028-2034 asciende a dos billones de euros, lo que representa el 1,26% del PIB europeo

Además, censura que se agrupen las políticas de cohesión, agrícola, social, pesca y seguridad en un único Fondo de Gestión compartida, a la vez que se propone un único plan de acceso a los fondos en los que se incluye la PAC (Política Agraria Común). Una propuesta que prevé un recorte de un 20%, rechazada de plano por las tres diputaciones y el departamento de Agricultura. 
La Comisión, además, persiste en la idea de un único plan de fondos por Estado que limita la llegada de pagos a los programas regionales y presiona para alinear los mismos a los de ámbito estatal para poder ser financiados.